El Colegio Nacional José Pedro Varela pertenece a la categoría de Colegios Habilitados por la Administración Nacional de Educación Pública del Estado. A través de una serie de disposiciones incluidas en la denominada Ordenanza 14, que las instituciones educativas privadas se obligan a cumplir para obtener la mencionada calidad de habilitadas, el Estado garantiza a las familias que envían sus hijos a dichas instituciones educativas el cumplimiento de una base mínima en referencia a las asignaturas impartidas y a sus contenidos, así como diversas exigencias en lo concerniente a condiciones edilicias. 

  Por medio de un sistema de inspecciones, el Estado controla el cumplimiento de las disposiciones de la ordenanza a la vez que efectúa una labor de supervisión sobre la tarea de los docentes. Independientemente de las inspecciones y supervisiones, cada centro implementa su propio sistema de supervisión y calificación docente.

  Sobre dicha base, las instituciones privadas articulan sus propuestas educativas diferenciales, ya sea ampliando los contenidos mencionados en los programas vigentes de las asignaturas, incrementando las cargas horarias de las mismas, o bien proponiendo nuevas asignaturas en su propuesta curricular o complementaria. Todas las modificaciones realizadas por las instituciones educativas a los programas vigentes deben ser comunicadas y aprobadas por la Administración Nacional de Educación Pública. No sucede lo mismo con las actividades complementarias, ya que sobre ellas cada centro posee autonomía, siempre que no violenten los valores básicos sustentados por la educación pública. 

Cada una de las Secciones que integran el Colegio es dirigida por un Director de Sección que responde a un Director General, el que a su vez reporta al Consejo Directivo, órgano máximo de decisión de la Institución. 

Se ha desarrollado una estructura de coordinaciones de área, con perfiles, estructuras y cometidos específicos, que actúan como un sistema de vasos comunicantes entre las secciones. Dichas coordinaciones dependen jerárquicamente de la Dirección General.

Actualmente, la Institución se encuentra en un proceso de ampliación de su curriculum que incluye, desde el año 2004, la formación bilingüe (español – inglés) desde Educación Inicial, con certificaciones internacionales de las Universidades de Cambridge y Trinity y la enseñanza del idioma portugués desde el 1er. año de Educación Secundaria, con certificación internacional de la Universidad de Caxias.

El Colegio Nacional José Pedro Varela brinda así la posibilidad a sus alumnos, al momento de su egreso, de ser competentes en su lengua materna y, además, en dos lenguas extranjeras que le servirán como herramientas para la comunicación en general y para su inserción laboral.